Das Institut für Mikrobiologie ist in vier Abteilungen gegliedert: Mikrobielle Physiologie und Molekularbiologie unter der Leitung von Susanne Sievers (kommissarisch für Katharina Riedel); Mikrobielle Proteomik - Dörte Becher; Bakterienphysiologie - Tim Urich; und Aquatische Mikrobiologie - André Scheffel. Hinzu kommen die Nachwuchsforschungsgruppen Küstenmikrobiome (Mia Bengtsson) und Mikrobielle Interaktionen (Tjorven Hinzke) sowie die Forschungsgruppe des Emeritus Michael Hecker.