Das Institut für Mikrobiologie beherbergt vier Abteilungen:(Mikrobielle Physiologie & Molekularbiologie - Susanne Sievers (Lehrstuhlvertretung für Katharina Riedel),  Mikrobielle Proteomik - Dörte Becher, Bakterielle Physiologie – Tim Urich), Aquatische Mikrobiologie - André Scheffel sowie die Forschungsgruppe des Emeritus Michael Hecker.

Das Institut wird von der Geschäftsführerin Dörte Becher geleitet. Der stellvertretende Geschäftsführer ist Tim Urich.  Alle Abteilungen befinden sich in der Felix-Hausdorff-Straße 8, 17489 Greifswald auf dem neuen Campus der Universität.